Dünya üzerinde yaşanan en eski kentlerden birisi olan Van şehri ülkemizin Doğu Anadolu Bölgesi’nde, Van Gölü havzasında yer almaktadır. Tarihi, Paleolitik döneme dayanan Van şehri, İpekyolu üzerinde bulunması sebebiyle tarih boyunca önemli bir yerleşim merkezi olmuştur. Urartu Uygarlığına başkentlik yapmış, Selçuklu ve Osmanlı Dönemlerinde de önemini korumaya devam etmiştir. Bu nedenle, çeşitli yollarla yoğun bir şekilde tespit edilerek ortaya çıkarılan taşınır kültür varlıklarının belli bir merkezde toplanması gerektiği düşüncesi ile hareket eden zamanın Milli Eğitim Müdürü, Van İl Merkezi ve çevresinde bulunan koç, koyun şeklindeki Akkoyunlu ve Karakoyunlulara ait mezar taşları ile Urartulara ait kralların icraatlarını anlatan çivi yazılı kitabeleri toplayarak ileride kurulabilecek bir Müzede istifade edilebilmesi amacıyla bir depo muhafaza edilmiştir. 1932 yılında bu depoda koruma altına alınan eserlerin sayısı her geçen yıl çoğalmış ve bu sebeple deponun 1945 yılında Müze memurluğu haline gelmesi sağlanmıştır. Küçük çaplı ancak anlamlı bu çalışmalar ilimizde görev yapan yetkili memurlar ile konuya hassasiyetle yaklaşan vatandaşların gayretleri sonucu mevcut eserlerin sayısı daha da çoğalmış ve bunun sonucu olarak memurluk 1972 yılında Müze Müdürlüğüne dönüşmüştür.
Van ilinde 2011 yılında meydana gelen depremlerde hasar gören müze binası yerine şu anda üzerinde bulunduğumuz 50.764 m² lik taşınmaz içerisinde 10.000 m² lik kapalı alanı olan yeni müze hizmet binasının temelleri 12.09.2012 tarihinde atılmış ve 2019 yılında teşhir tanzim çalışmaları tamamlanarak ziyarete açılmıştır. Yeni müze insanların aileleriyle birlikte zaman geçirebilecekleri çocuklara yönelik eğitici atölyeler, kafeterya, konferans salonu, derslikler, ihtisas kütüphanesi, çocuk oyun alanları, hediyelik eşya standı ve geçici sergi salonları bulunmaktadır.